La institución educativa de las clases privilegiadas en Madrid.

El propósito era evidente: educar a las élites que debían dirigir España y su imperio. Así lo indica su propio nombre. El Colegio Imperial de San Pedro y San Pablo, o simplemente el Colegio Imperial, fue un destacado centro educativo administrado por la Compañía de Jesús en Madrid desde el siglo XVI hasta su expulsión en el XVIII. Su legado cultural perdura, ya que muchos de los edificios permanecen en pie, incluida su iglesia.

El inicio de la primera fundación jesuita en Madrid se remonta a 1559, cuando Gómez de Figueroa, conde de Feria, informa al jesuita Pedro de Ribadeneira de la mudanza de la Corte a Madrid para que la orden estableciera una fundación en la Villa. Esta iniciativa fue facilitada por Leonor de Mascareñas, aya de Felipe II, quien había tenido contacto con Ignacio de Loyola. El objetivo era encontrar un lugar adecuado, y qué mejor que cerca «del Rey nuestro señor», en los alrededores del Alcázar. Por ello, Leonor de Mascareñas adquirió unas casas al este de la fachada sur del Alcázar de Madrid.

Sin embargo, el proyecto encontró oposición, ya que Felipe II no lo aprobó. En la década de 1560, doña Leonor logró comprar para los jesuitas unas casas en la parte norte de la manzana 143 de la Planimetría General, en lo que hoy es la calle de la Colegiata. Allí se establecerían los descendientes de San Ignacio, sin definir de inmediato si la fundación sería una casa profesa o un colegio, decidiéndose finalmente por este último en 1570.

La riqueza y relevancia de la Compañía debían, sin duda, aumentar notablemente.

En 1603, falleció en Madrid la emperatriz viuda María, hija de Carlos I y hermana de Felipe II, quien vivía retirada en el convento de las Descalzas Reales. A su muerte, dedicó una parte de su herencia para que se refundara el colegio jesuita existente, quedando bajo su patronazgo.

El edificio se localizaba originalmente en la actual calle de la Colegiata, reorientando su fachada hacia la calle de Toledo durante las importantes reformas del siglo XVII, aproximándose a su situación actual.

Curiosamente, como en muchas construcciones jesuíticas, la iglesia del colegio presenta notables similitudes con la iglesia madre de la Compañía de Jesús en Roma, Il Gesù: planta de cruz latina, capillas laterales, y un lenguaje barroco clásico y grandioso. El templo contaba con un retablo diseñado por Francisco Bautista, con características parecidas al del Santuario de Nuestra Señora de la Fuencisla en Segovia. Un aspecto relevante fue su biblioteca, considerada una institución en el colegio, que llegó a tener alrededor de 35.000 ejemplares al momento de la expulsión de los jesuitas en 1767. Esta biblioteca se convirtió en la más importante de Madrid hasta el siglo XVIII, gracias a su vasta colección de materiales de estudio, obras de consulta e investigación, manuscritos de obras redactadas por los jesuitas, donaciones de benefactores, intercambios de libros con otros centros jesuíticos en Europa, y diversas adquisiciones y documentos.

Sin embargo, todo aquello llegó a su fin, como tantas otras instituciones. Tras la expulsión de los jesuitas en 1767, la iglesia se transformó en iglesia colegiata y se convirtió en el lugar de descanso de los restos del patrón de Madrid, San Isidro Labrador, tarea que contó con un amplio apoyo popular. En ese momento, el retablo mayor fue reformado por Ventura Rodríguez.

Finalmente, en 1816, con el regreso de Fernando VII a España, el colegio fue reintegrado a la Compañía, bajo ciertas condiciones. Esta última etapa del colegio llegó a su fin en 1834 con la supresión de la Compañía de Jesús. San Isidro ya «tomaría» las riendas.